В Project Server 2013 и Project Online появилась возможность выбора режима безопасности.
Так, ИТ-администратор или бизнес-администратор может перед началом запуска корпоративной системы управления проеками на базе Project Server 2013 или Project Online, или в процессе работы, выбрать, использовать ли режим безопасности SharePoint, либо режим безопасности Project Server.
О различиях в режимах и какой нужно выбирать, читайте в статье «Режимы безопасности в Project Server 2013 и Project Online».